中亚经贸研究院是经学校批准成立的专门从事中亚经贸问题的研究和人才培养的实体机构，于2012年4月16日正式成立。本院下设三个研究所和一个综合办公室以及中亚经贸研究博士项目办公室。三个研究所为：中亚金融研究所、中亚贸易与投资研究所和中亚能源合作研究所。综合办公室主要负责本院的财务、图书档案资料管理、对外联络、办公条件保障、网站维护和院长交办的其他任务。中亚经贸研究博士项目办公室承担新疆财经大学中亚经贸研究项目博士人才的教学和培养工作。

中国新疆与中亚区域经济合作研究中心是新疆维吾尔自治区人文社会科学重点研究基地之一。中心目前有专、兼职研究人员50余人，学术团队结构合理、职称结构和学历结构高。该中心主要围绕中国新疆与中亚经贸合作研究、新疆区域发展与外向型经济研究、中亚国别经济研究三个研究方向，以学术带头人和科研骨干为核心，以重大、重点及一般研究项目为载体，积极加强与校外科研机构、高校及相关职能部门和企业的合作，将基地建设成开放性的研究平台，瞄准中国新疆与中亚区域经济研究前沿，...

　　新疆企业发展研究中心是新疆维吾尔自治区人文社会科学重点研究基地之一。该研究中心重点围绕新疆本土企业成长、新疆企业营销及企业内部控制和审计等领域开展深入研究。现有专兼职研究人员100余人，其中教授20余人，具有博士学位人员30余人。该中心将秉持“开放包容、脚踏实地、持之以恒、服务第一 ”的经营理念，努力成为沟通政府部门、企业界及学术界的交流平台。

　　新疆社会经济统计研究中心是新疆维吾尔自治区人文社会科学重点研究基地之一。中心依托新疆财经大学统计学科优势，针对学科前沿和自治区经济社会发展中重大理论和实践问题进行探讨研究。现拥有一支高水平的专兼职研究队伍，研究中心现有专职研究人员15名，兼职研究人员20名，其中教授15名，博士18名。该研究中心旨在推进新疆高校人文社会科学研究，提高自身办学质量，培养高层次统计人才，同时为全疆社会经济统计决策与政策研究和制定提供服务和支持。